Il D.P.R. istitutivo, (art. 1, lett. d) pone al Commissario straordinario il compito di promuovere intese con le Autorità giudiziarie competenti al fine di raccordare i procedimenti amministrativi di destinazione con i procedimenti giudiziari limitatamente alla fase del sequestro e della confisca non definitiva dei beni, ed altresì, al fine di ricomprendere nelle iniziative di cui al punto c) del medesimo D.P.R., i beni medesimi e di porre a disposizione degli organi dell'Amministrazione giudiziaria ogni risorsa onde assicurare una proficua gestione economica dei beni, nel rispetto di ogni prerogativa dell'Autorità giudiziaria.

L'attività di raccordo con gli Uffici giudiziari ha avuto come premessa, come già evidenziato, la definizione di incontri ed intese con il Ministero della Giustizia (accordo tecnico del 26.03.2008 per l'accesso al sistema SIPPI), la Corte Suprema di Cassazione (per la velocizzazione del flusso delle flusso delle comunicazioni relative alle confische definitive) e con la Direzione Nazionale Antimafia (convenzione per lo scambio di informazioni in data 9.04.2008).

Sono stati successivamente organizzati due incontri, il 21.05.2008 con i Presidenti delle Sezioni Misure di Prevenzione ed il 27.05.2008 con i Procuratori della Repubblica per l'art. 12 sexies L. 356/1992, finalizzati anche ad acquisire specifiche informazioni sugli orientamenti organizzativi al fine di definire iniziative dell'Ufficio che, nel rispetto delle prerogative della magistrature e delle competenze del Ministero di Giustizia, possano contribuire ad assicurare il miglior possibile coordinamento e razionalizzazione delle varie e complesse fasi procedurali successive al sequestro.